补饲对不同年龄欧拉羊生产性能及肌肉基因表达的影响

这是一篇关于补饲,欧拉羊,血清生化,转录组测序,基因筛选的论文, 主要内容为欧拉羊是藏系绵羊的一种,主要分布在青海和甘肃等海拔较高的地区。具有体型大、背部宽广、产肉率高、自身肉质鲜嫩、口感好等特点,受广大牧民的青睐。本研究以不同发育阶段欧拉羊为研究对象,当自然放牧难以完全满足欧拉羊的生长发育需求,对自然放牧欧拉羊进行适度补饲,检测血清生化指标、屠宰性能和肌肉组织差异基因表达情况,并进一步对筛选出的差异表达基因与欧拉羊血清生化、屠宰性能进行关联性分析,以期为欧拉羊生长发育相关研究提供理论参考。主要研究结果如下:(1)补饲对不同年龄阶段欧拉羊血清生化的影响该试验选择自然放牧条件下健康状况良好,体重相近的欧拉羊48只,分成2组(放牧加补饲组(A组)和放牧组(B组)),每组年龄段分为6月龄、12月龄和36月龄,且每组3个重复,每个重复8只羊。预试期10 d,正试期60 d。试验期结束后颈静脉空腹采血,提取血清,进行血清生化、生长性能测定分析。结果显示:在血清生化指标方面,6月龄A组血清生长激素(Growth Hormone,GH)含量显著高于B组(P<0.05)。36月龄A组血清AST、Albumin、TC、TG含量显著高于B组(P<0.05)。在血清免疫指标方面,6月龄A组血清球蛋白(Globulin,GLB)含量显著高于B组(P<0.05)。12月龄A组血清IL-6含量显著高于B组(P<0.05)。36月龄A组血清Ig A、Ig M、IL-2含量显著高于B组(P<0.05)。在抗氧化指标方面,6月龄A组血清超氧化物歧化酶(Superoxide Dismutase,SOD)、乳酸脱氢酶(Lactate Dehydrogenase,LDH)、谷胱甘肽过氧化酶(Glutathione Peroxidase,GSH-Px)含量显著高于B组(P<0.05);综合可知,补饲能够改善欧拉羊的免疫水平、抗氧化能力,进而提高血清中生长激素的含量。补饲对放牧条件下欧拉羊生长体况的提高有促进作用。(2)补饲对不同年龄阶段欧拉羊屠宰性能的影响随机选取健康、体重接近6月龄(羔羊期)和18月龄(育成期)欧拉羊母羊各30只,各年龄分别随机分为2组,每组5个重复,每个重复3只。对照组(自然放牧)和试验组(放牧+补饲)2组。试验组为归牧后对其进行1次基础日粮补饲,补饲期60 d,预饲期10 d。试验结束后,各年龄对照组、处理组中随机选取6只进行屠宰并检测屠宰性能。结果显示:1.不同饲养条件下,18月龄试验组的宰前活重、胴体重、净肉重和肉骨比显著高于同月龄对照组(P<0.05)。2.尽管补饲后6月龄和18月龄组屠宰率相比自然放牧无显著差异,但补饲组的平均屠宰率均高于放牧组3个百分点以上。3.对各组屠宰性状进行皮尔逊相关性分析后显示,放牧组羊的宰前活重与胴体重、净肉重、皮重均呈极显著正相关(P<0.01),胴体重与净肉重、皮重均呈极显著正相关(P<0.01),净肉重与骨重呈极显著正相关(P<0.01),骨重与GR值呈极显著正相关(P<0.01);放牧+补饲组羊的宰前活重与胴体重、净肉重、骨重均呈极显著正相关(P<0.01),胴体重与净肉重、骨重、皮重均呈极显著正相关(P<0.01),净肉重与骨重、肉骨比均呈极显著正相关(P<0.01),骨重与皮重、GR值分别呈极显著(P<0.01)和显著正相关(P<0.05)。4.自然放牧条件下6月龄和18月龄欧拉羊根据宰前活重(X)来预测胴体重(Y)及净肉重(Y)的回归方程分别为:Y=0.540X-2.562(R2=0.929,P<0.01),Y=0.366X-1.194(R2=0.871,P<0.01);5.放牧+补饲条件下的相应回归方程分别为:Y=0.593X-3.552(R2=0.968,P<0.01),Y=0.445X-2.719(R2=0.942,P<0.01)。综合可知,补饲可改善欧拉羊的生长性能和肉用性能,有利于充分利用欧拉羊生产潜能。(3)补饲对不同年龄阶段欧拉羊肌肉转录组测序及差异表达基因筛选该试验随机选取体重体尺相近、健康的6月龄(羔羊期)和18月龄(育成期)欧拉羊各30只,各年龄阶段随机分为放牧+补饲组(A组)和放牧组(B组)2组,每组5个重复,每个重复3只羊;同时采集胚胎期(孕期4月龄,Fetus)欧拉羊5只。对6月龄、18月龄欧拉羊进行补饲试验,预饲期10 d,正式补饲60 d,补饲结束后屠宰,采集背最长肌;同时采集4月龄胚胎背最长肌。采集样本液氮冷冻后转移至实验室,用于提取RNA,并开展后续高通量测序。差异表达基因筛选结果显示,根据log2|Fold Change|>1、显著性P<0.05条件。结果表明:1.在不补饲条件下,胚胎期羊与羔羊期羊中共筛选出差异基因514个,其中上调基因203个,下调基因311个;2.在补饲条件下,胚胎期羊与羔羊期羊中共筛选出差异基因334个,其中上调基因209个,下调基因125个。富集分析结果显示,3.补饲条件下,胚胎期羊与羔羊期羊的差异表达基因共涉及150个调控通路,其差异上调基因主要涉病毒感染及炎症反应等通路;差异下调基因主要涉及P13K-Akt信号通路、Wnt信号等通路。4.在不补饲条件下,羔羊期羊与育成期羊中共筛选出差异基因198个,其中上调基因110个,下调基因88个。5.在补饲条件下,羔羊期羊与育成期羊中共筛选出差异基因335个,其中上调基因69个,下调基因266个。上调基因GO富集主要富集在细胞骨架肌动蛋白、焦磷酸酶活性等功能;差异下调基因主要富集在氧化还原酶活性、细胞外区域、G蛋白偶联受体活性等功能;差异表达基因共涉及50个通路,差异基因主要富集在细胞黏附分子、P13K-Akt信号通路、钙信号通路、m TOR信号通路和黏着斑。(4)肌肉发育过程中核心调控基因与血清生化指标、屠宰指标的关系探究经试验(3)筛选得到6个肌肉发育相关核心差异表达基因,将该核心调控基因与血清生化指标、屠宰性能进行关联分析,计算斯皮尔曼(Spearman)相关性系数。结果表明:在补饲条件下,血清指标方面:雌二醇(E2)与ITGB2(参与调节细胞增殖)、PIK3CG(参与免疫应答)、IGF1(胰岛素生长因子)呈显著强相关;生长激素(GH)与IGF1(胰岛素生长因子)呈负显著强相关;免疫指标方面:GLB与ITGB2(参与调节细胞增殖)PIK3CG(参与免疫应答)、IGF1(胰岛素生长因子)呈极显著强相关;GLB与KIT呈负显著强相关。抗氧化指标方面:丙二醛(MDA)与ITGB2(参与调节细胞增殖)呈极显著强相关;谷胱甘肽过氧化物酶(GSH)与ITGB2(参与调节细胞增殖)、PIK3CG(参与免疫应答)、IGF1(胰岛素生长因子,促糖原合成,糖分解)呈极显著强相关;屠宰指标方面:骨重和皮重与IGF1(胰岛素生长因子,促糖原合成,糖分解)、AKT2(促进细胞增殖、抑制细胞凋亡)呈显著强相关。综上所述,补饲条件下能够影响欧拉羊肌肉发育与相关基因的表达,进而影响相关信号通路和生物学功能;同时,筛选出的差异表达基因可作为进一步研究骨骼肌调控机制的候选靶点。

采后西兰花保鲜技术研究

这是一篇关于西兰花,运输,1-甲基环丙烯,转录组测序的论文, 主要内容为西兰花(Brassicaoleraceavar.italica)含有丰富的维生素C、硫代葡萄糖苷和矿物质等营养物质,被誉为“蔬菜皇冠”。然而,西兰花在采后呼吸代谢旺盛,衰老迅速,常温下极易黄化、腐烂,营养物质损失严重,尤其是在采后运输过程中更容易造成损伤。在国内,大多数菜农、菜商采收西兰花后无法实现及时预冷。因此研究西兰花运输过程中安全、有效、低成本的保鲜方式对于菜农以及电商物流极其必要。本试验以“苏青”6号西兰花为试验材料,通过测定生理生化指标分别研究预冷+冰温处理、采前1-MCP、采前CaCl2处理对西兰花运输中的保鲜效果,并通过转录组学分析揭示西兰花在运输期间的分子调控机制。主要研究结果如下:1、研究了预冷+低温处理对西兰花颜色、维生素C含量、呼吸强度、抗氧化能力、游离酚、总硫代葡萄糖苷和异硫氰酸酯含量的影响。预冷+低温处理西兰花,可以延缓黄化,保持较低的呼吸强度和较高的维生素C、叶绿素、游离酚、硫代葡萄糖苷和异硫氰酸酯含量,同时保持了 APX、CAT活性和DPPH自由基清除能力,抑制了 POD、叶绿素酶活性,降低了丙二醛的累积,可有效延长西兰花的贮藏期。西兰花的叶绿素含量除了与叶绿素酶活性显著相关还与POD活性显著相关;硫代葡萄糖苷、异硫氰酸酯含量与细胞损伤程度密切相关。叶绿素含量、CAT活性、总硫代葡萄糖苷含量、叶绿素酶活性、呼吸强度和丙二醛含量可作为评价西兰花品质特性的关键指标。2、研究了采前1-MCP、CaCl2处理对西兰花颜色、维生素C含量、呼吸强度、抗氧化能力、游离酚、总硫代葡萄糖苷和异硫氰酸酯含量的影响。结果发现400 μL/L的1-MCP溶液与10 mmol/L的CaCl2溶液能有效地延长西兰花的货架寿命。1-MCP、CaCl2通过抑制叶绿素酶活性来延缓叶绿素的降解,维持其表观绿色,抑制了呼吸强度和a*、b*值的增加。1-MCP和CaCl2处理提高了游离酚含量和APX和CAT等抗氧化酶活性,保持了较高的DPPH自由基清除力、维生素C、总硫代葡萄糖苷和异硫氰酸酯含量,减少了丙二醛的积累,并且1-MCP的处理效果优于CaCl2。菜农、菜商难以对西兰花实现及时预冷时,采前400 μL/L1-MCP处理,是一种良好的替代方法。3、研究了预冷+低温处理和采前1-MCP处理的西兰花采后代谢通路及叶绿素代谢的转录水平机理。结果共获得79.74Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到5.94Gb,Q30碱基百分比在93.49%及以上。对差异表达基因进行GO功能富集分析,发现采前1-MCP处理影响西兰花对细胞分裂素的响应、光合作用、光系统I中的光收集,采光复合体和木葡聚糖:木葡糖基转移酶活性等。预冷+低温处理影响了西兰花微管运动、氧化还原过程、对水杨酸的应答、微管、采光复合体、微管结合和微管运动活性等。KEGG富集分析发现采前1-MCP处理显著改变西兰花的代谢通路为碳代谢、亚油酸代谢、乙醛酸和二羧酸酯代谢、丙氨酸,天冬氨酸和谷氨酸代谢和2-氧代羧酸代谢等。预冷+低温处理显著改变西兰花的代谢通路有苯丙烷生物合成、亚油酸代谢、芥子油苷生物合成、类黄酮生物合成、丙氨酸,天门冬氨酸和谷氨酸代谢等。还发现1-MCP和预冷+低温处理影响西兰花叶绿素代谢途径关键酶(GluTR、PBDG、UROD、CPOX、MgCh、MgMT、CS、POR、CBR、CLH、PPH和PaO)相关基因的表达。初步整理得出1-MCP/预冷+低温处理对西兰花有效保绿的机制。

神经上皮细胞转化基因1在肝细胞癌发生发展中的功能和机制研究

这是一篇关于NET1,肝细胞癌,增殖,转移,转录组测序,AKT的论文, 主要内容为【研究背景及目的】原发性肝细胞癌(简称肝癌)是目前最常见的恶性肿瘤之一,其发病率在所有恶性肿瘤中位居全球第六位,病死率高达全球第三位。肝癌的发生发展受多种肿瘤相关基因的调控,包括癌基因的激活及抑癌基因的失活,但确切机制仍不清楚。因此寻找肝癌早期发生发展过程中的分子标志物以及深入研究肝癌进展转移过程中重要分子机制显得尤为重要。神经上皮细胞转化基因1(Neuroepithelial cell transforming 1,NET1)是鸟苷酸交换因子家族的重要一员,而鸟苷酸交换因子具有激活和调节Rho家族蛋白的功能。当NET1定位到细胞质时便会活化Rho GTP酶,进而发挥调控细胞骨架重组和促肿瘤发生的作用。NET1作为促癌基因已被报道参与多种癌症的发生发展,包括胃癌、乳腺癌、神经胶质瘤、食管癌和膀胱癌。本研究旨在探究以下问题:(1)检测NET1在肝癌样本中的表达水平以及与肝癌患者临床病理特征及预后的关系。(2)探究NET1在体内外对肝癌细胞系生物功能的影响。(3)NET1发挥生物功能的分子机制。【研究方法】首先,在肝癌临床样本中明确NET1在m RNA和蛋白水平的表达情况。另外在肝癌患者组织芯片中,采用免疫组化方法明确NET1在肝癌及癌旁组织的表达水平。Kaplan-Meier方法分析NET1的表达与肝癌患者预后的关系,通过χ2检验分析NET1与肝癌患者临床病理特征之间的关系。在生物学功能方面,首先构建NET1过表达和敲低的稳转肝癌细胞系,采用MTT实验、结晶紫及transwell实验探索NET1对于肝癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响;接着利用裸鼠皮下成瘤模型、裸鼠肝内转移和肺转移模型进一步探究NET1对于肝癌细胞体内生长和转移能力的影响。在机制方面,首先利用转录组测序分析和生物信息学分析对敲低NET1和对照的YY-8103细胞系进行测序分析,筛选差异化表达基因,富集具有调控NET1生物学功能的的潜在关键信号通路。然后,利用Western Blot技术和Real-time PCR分析验证NET1可能的作用通路。【研究结果】1.根据临床组织样本和组织芯片的分析结果发现,NET1在肝癌组织中的表达升高。Kaplan-Meier生存分析发现,NET1高表达的患者无论是OS还是DFS均明显较差。NET1的表达与AFP、肿瘤大小、微转移灶、门静脉癌栓和微血管侵犯等临床病理特征密切相关。2.根据表达水平差异,选择Hep3B和Huh7两个低表达NET1的细胞系构建过表达NET1的稳转细胞系,同时高表达NET1的CSQT-2和YY-8103被用于构建低表达NET1的细胞系。3.MTT实验和结晶紫实验发现,过表达NET1可促进肝癌细胞系体外的增殖能力,反之敲低NET1后增殖能力被抑制。transwell实验发现,过表达NET1可促进肝癌细胞系体外的迁移和侵袭能力,反之敲低NET1后迁移和侵袭的能力被抑制。4.裸鼠皮下成瘤模型、裸鼠肝内转移和肺转移模型实验发现,过表达NET1可促进肝癌细胞系体内生长和转移的能力,反之敲低NET1后生长和转移的能力被抑制。5.转录组测序GSEA富集分析发现在敲低NET1后,与AKT通路相关的基因集表达普遍降低,提示敲低NET1后或可对AKT信号通路产生重要的影响。6.Western Blot检测结果发现,过表达NET1可以增加p-AKT的表达;反之,敲低NET1可以降低p-AKT的表达。同时,AKT的抑制剂(MK2206)可以恢复NET1的促增殖、迁移和侵袭作用。7.对EMT通路相关基因E-cadherin、N-cadherin、Snail、Twist和ZEB的Western Blot检测结果发现,NET1可以通过上调Snail的表达而促进肝癌细胞的EMT过程。8.NET1的表达可以预测索拉菲尼治疗的敏感性,索拉菲尼对低表达NET1肝癌患者的治疗效果更好。【研究结论】NET1在肝癌组织中高表达,且高表达NET1的患者预后差。细胞和动物实验证明过表达NET1可以显著促进肝癌细胞在体内外的生长和转移能力,发挥着重要的促癌作用。在机制方面,我们确定了NET1可以通过激活AKT的磷酸化和上调Snail的表达来发挥作用。但更具体的机制还需进一步探索。本研究证明NET1可以作为一个新的潜在的治疗靶点。

补饲对不同年龄欧拉羊生产性能及肌肉基因表达的影响

这是一篇关于补饲,欧拉羊,血清生化,转录组测序,基因筛选的论文, 主要内容为欧拉羊是藏系绵羊的一种,主要分布在青海和甘肃等海拔较高的地区。具有体型大、背部宽广、产肉率高、自身肉质鲜嫩、口感好等特点,受广大牧民的青睐。本研究以不同发育阶段欧拉羊为研究对象,当自然放牧难以完全满足欧拉羊的生长发育需求,对自然放牧欧拉羊进行适度补饲,检测血清生化指标、屠宰性能和肌肉组织差异基因表达情况,并进一步对筛选出的差异表达基因与欧拉羊血清生化、屠宰性能进行关联性分析,以期为欧拉羊生长发育相关研究提供理论参考。主要研究结果如下:(1)补饲对不同年龄阶段欧拉羊血清生化的影响该试验选择自然放牧条件下健康状况良好,体重相近的欧拉羊48只,分成2组(放牧加补饲组(A组)和放牧组(B组)),每组年龄段分为6月龄、12月龄和36月龄,且每组3个重复,每个重复8只羊。预试期10 d,正试期60 d。试验期结束后颈静脉空腹采血,提取血清,进行血清生化、生长性能测定分析。结果显示:在血清生化指标方面,6月龄A组血清生长激素(Growth Hormone,GH)含量显著高于B组(P<0.05)。36月龄A组血清AST、Albumin、TC、TG含量显著高于B组(P<0.05)。在血清免疫指标方面,6月龄A组血清球蛋白(Globulin,GLB)含量显著高于B组(P<0.05)。12月龄A组血清IL-6含量显著高于B组(P<0.05)。36月龄A组血清Ig A、Ig M、IL-2含量显著高于B组(P<0.05)。在抗氧化指标方面,6月龄A组血清超氧化物歧化酶(Superoxide Dismutase,SOD)、乳酸脱氢酶(Lactate Dehydrogenase,LDH)、谷胱甘肽过氧化酶(Glutathione Peroxidase,GSH-Px)含量显著高于B组(P<0.05);综合可知,补饲能够改善欧拉羊的免疫水平、抗氧化能力,进而提高血清中生长激素的含量。补饲对放牧条件下欧拉羊生长体况的提高有促进作用。(2)补饲对不同年龄阶段欧拉羊屠宰性能的影响随机选取健康、体重接近6月龄(羔羊期)和18月龄(育成期)欧拉羊母羊各30只,各年龄分别随机分为2组,每组5个重复,每个重复3只。对照组(自然放牧)和试验组(放牧+补饲)2组。试验组为归牧后对其进行1次基础日粮补饲,补饲期60 d,预饲期10 d。试验结束后,各年龄对照组、处理组中随机选取6只进行屠宰并检测屠宰性能。结果显示:1.不同饲养条件下,18月龄试验组的宰前活重、胴体重、净肉重和肉骨比显著高于同月龄对照组(P<0.05)。2.尽管补饲后6月龄和18月龄组屠宰率相比自然放牧无显著差异,但补饲组的平均屠宰率均高于放牧组3个百分点以上。3.对各组屠宰性状进行皮尔逊相关性分析后显示,放牧组羊的宰前活重与胴体重、净肉重、皮重均呈极显著正相关(P<0.01),胴体重与净肉重、皮重均呈极显著正相关(P<0.01),净肉重与骨重呈极显著正相关(P<0.01),骨重与GR值呈极显著正相关(P<0.01);放牧+补饲组羊的宰前活重与胴体重、净肉重、骨重均呈极显著正相关(P<0.01),胴体重与净肉重、骨重、皮重均呈极显著正相关(P<0.01),净肉重与骨重、肉骨比均呈极显著正相关(P<0.01),骨重与皮重、GR值分别呈极显著(P<0.01)和显著正相关(P<0.05)。4.自然放牧条件下6月龄和18月龄欧拉羊根据宰前活重(X)来预测胴体重(Y)及净肉重(Y)的回归方程分别为:Y=0.540X-2.562(R2=0.929,P<0.01),Y=0.366X-1.194(R2=0.871,P<0.01);5.放牧+补饲条件下的相应回归方程分别为:Y=0.593X-3.552(R2=0.968,P<0.01),Y=0.445X-2.719(R2=0.942,P<0.01)。综合可知,补饲可改善欧拉羊的生长性能和肉用性能,有利于充分利用欧拉羊生产潜能。(3)补饲对不同年龄阶段欧拉羊肌肉转录组测序及差异表达基因筛选该试验随机选取体重体尺相近、健康的6月龄(羔羊期)和18月龄(育成期)欧拉羊各30只,各年龄阶段随机分为放牧+补饲组(A组)和放牧组(B组)2组,每组5个重复,每个重复3只羊;同时采集胚胎期(孕期4月龄,Fetus)欧拉羊5只。对6月龄、18月龄欧拉羊进行补饲试验,预饲期10 d,正式补饲60 d,补饲结束后屠宰,采集背最长肌;同时采集4月龄胚胎背最长肌。采集样本液氮冷冻后转移至实验室,用于提取RNA,并开展后续高通量测序。差异表达基因筛选结果显示,根据log2|Fold Change|>1、显著性P<0.05条件。结果表明:1.在不补饲条件下,胚胎期羊与羔羊期羊中共筛选出差异基因514个,其中上调基因203个,下调基因311个;2.在补饲条件下,胚胎期羊与羔羊期羊中共筛选出差异基因334个,其中上调基因209个,下调基因125个。富集分析结果显示,3.补饲条件下,胚胎期羊与羔羊期羊的差异表达基因共涉及150个调控通路,其差异上调基因主要涉病毒感染及炎症反应等通路;差异下调基因主要涉及P13K-Akt信号通路、Wnt信号等通路。4.在不补饲条件下,羔羊期羊与育成期羊中共筛选出差异基因198个,其中上调基因110个,下调基因88个。5.在补饲条件下,羔羊期羊与育成期羊中共筛选出差异基因335个,其中上调基因69个,下调基因266个。上调基因GO富集主要富集在细胞骨架肌动蛋白、焦磷酸酶活性等功能;差异下调基因主要富集在氧化还原酶活性、细胞外区域、G蛋白偶联受体活性等功能;差异表达基因共涉及50个通路,差异基因主要富集在细胞黏附分子、P13K-Akt信号通路、钙信号通路、m TOR信号通路和黏着斑。(4)肌肉发育过程中核心调控基因与血清生化指标、屠宰指标的关系探究经试验(3)筛选得到6个肌肉发育相关核心差异表达基因,将该核心调控基因与血清生化指标、屠宰性能进行关联分析,计算斯皮尔曼(Spearman)相关性系数。结果表明:在补饲条件下,血清指标方面:雌二醇(E2)与ITGB2(参与调节细胞增殖)、PIK3CG(参与免疫应答)、IGF1(胰岛素生长因子)呈显著强相关;生长激素(GH)与IGF1(胰岛素生长因子)呈负显著强相关;免疫指标方面:GLB与ITGB2(参与调节细胞增殖)PIK3CG(参与免疫应答)、IGF1(胰岛素生长因子)呈极显著强相关;GLB与KIT呈负显著强相关。抗氧化指标方面:丙二醛(MDA)与ITGB2(参与调节细胞增殖)呈极显著强相关;谷胱甘肽过氧化物酶(GSH)与ITGB2(参与调节细胞增殖)、PIK3CG(参与免疫应答)、IGF1(胰岛素生长因子,促糖原合成,糖分解)呈极显著强相关;屠宰指标方面:骨重和皮重与IGF1(胰岛素生长因子,促糖原合成,糖分解)、AKT2(促进细胞增殖、抑制细胞凋亡)呈显著强相关。综上所述,补饲条件下能够影响欧拉羊肌肉发育与相关基因的表达,进而影响相关信号通路和生物学功能;同时,筛选出的差异表达基因可作为进一步研究骨骼肌调控机制的候选靶点。

达乌尔黄鼠背部毛周期波及全长转录组的分析

这是一篇关于达乌尔黄鼠,毛囊,毛周期,转录组测序的论文, 主要内容为达乌尔黄鼠属于松鼠科达乌尔黄鼠属动物,冬眠,喜独居,以植物性食物为主的杂食性动物,对农作物、牧业草场有巨大危害,又是鼠疫菌的主要携带和传播者之一,在我国多地均有分布。达乌尔黄鼠一年中有一半的时间在冬眠,冬眠有哺乳动物典型的冬眠阵特点,雌雄个体出眠高峰期相差一个月,出眠后进入交配季,分娩期25天,哺乳期可达一个月。达乌尔黄鼠冬眠时外界温度可低至2—8度,出眠的达乌尔黄鼠身体各项机能仍存在活性,经过冬天的低温后,一些寄生虫细菌等导致的皮肤性疾病有明显好转。冬眠对于达乌尔黄鼠毛被生长的影响还没有报道,本文对达乌尔黄鼠的性别的PCR鉴别、毛被生长规律以及全长转录组进行了初步观察、分析和研究,得到如下结果:一、用PCR扩增技术可以用Smc8MD与Smc8MR1、Smc8MD与Smc8MR2以及Smc8MD与Smc8MR3为上下游引物对达乌尔黄鼠的性别进行鉴别。二、达乌尔黄鼠毛被生长规律1、达乌尔黄鼠毛囊也和其它哺乳动物意一样经历了包括兴盛期、退行期以及休止期的生长周期。2、新生达乌尔黄鼠全身呈肉粉色,十天后,背部呈明显黑色,二十天后体表被毛全部覆盖,且呈明显沙黄色;三十天后,被毛明显蓬松,个体与成年个体相似。达乌尔黄鼠背毛呈现出典型的Agouti毛的特征。在整个过程中毛囊基本是全身性的同步生长。3、成年达乌尔黄鼠从第一年出眠后到第二年入眠前长两次毛,经历两次毛周期,毛周期开始是集中在本部一点或一块区域,而后向头部及四肢等四周扩散。整个过程从兴盛期到休止期需要近30天的时间,从上一次毛周期结束到下一次的周期开始,中间经历时间从20天到30天不等,而第二次的毛周期时间与第一次的毛周期时间所经历的时间相一致。与其他种类不同的是,达乌尔黄鼠背部每一次的毛周期,均从背部中间开始向四周直到扩散到接近四肢为止,不存在交替的情况,不存在线状的周期域。下一次的毛周期亦是如此。三、达乌尔黄鼠的全长转录组1、利用三代测序技术获得达乌尔黄鼠一只雄性个体不同组织分别提取RNA,等量混合构建的cDNA文库,获得达乌尔黄鼠全长转录组大小为1,997,341,369bp,高质量的转录本共93,621个。将基因注释到各数据库中,NR数据库20608个;NT数据库31683个,Uniprot数据库19719个,预测的ORF注释到Uniprot数据库14099个结果。2、GO数据库中,有76336个转录本与之对应,分为65类。其中生物过程有24342个转录本被注释,分子功能有24843个转录本被注释,细胞组成有27151个转录本被注释。对比KEGG基因库中数据,推测其生物通路层面情况,注释到21564个转录本。根据代谢途径分成了6大类。值得注意的是,这六大类中排第二的是与人类疾病相关的代谢途径,说明人类的某些疾病同样发生在达乌尔黄鼠个体。用BLAST软件默认参数将Unigene与KOG数据库比对,过滤,对筛选出来的最优结果进行注释,共注释到转录本14687个,总计25项。预测出转录因子共4268个,总计63个家族。通过对达乌尔黄鼠的转录组数分析发现,其全长转录本中存在RNA可变剪切事件和大量的冗余序列。同时分析结果表明达乌尔黄鼠可能具有独特的代谢途径。

神经上皮细胞转化基因1在肝细胞癌发生发展中的功能和机制研究

这是一篇关于NET1,肝细胞癌,增殖,转移,转录组测序,AKT的论文, 主要内容为【研究背景及目的】原发性肝细胞癌(简称肝癌)是目前最常见的恶性肿瘤之一,其发病率在所有恶性肿瘤中位居全球第六位,病死率高达全球第三位。肝癌的发生发展受多种肿瘤相关基因的调控,包括癌基因的激活及抑癌基因的失活,但确切机制仍不清楚。因此寻找肝癌早期发生发展过程中的分子标志物以及深入研究肝癌进展转移过程中重要分子机制显得尤为重要。神经上皮细胞转化基因1(Neuroepithelial cell transforming 1,NET1)是鸟苷酸交换因子家族的重要一员,而鸟苷酸交换因子具有激活和调节Rho家族蛋白的功能。当NET1定位到细胞质时便会活化Rho GTP酶,进而发挥调控细胞骨架重组和促肿瘤发生的作用。NET1作为促癌基因已被报道参与多种癌症的发生发展,包括胃癌、乳腺癌、神经胶质瘤、食管癌和膀胱癌。本研究旨在探究以下问题:(1)检测NET1在肝癌样本中的表达水平以及与肝癌患者临床病理特征及预后的关系。(2)探究NET1在体内外对肝癌细胞系生物功能的影响。(3)NET1发挥生物功能的分子机制。【研究方法】首先,在肝癌临床样本中明确NET1在m RNA和蛋白水平的表达情况。另外在肝癌患者组织芯片中,采用免疫组化方法明确NET1在肝癌及癌旁组织的表达水平。Kaplan-Meier方法分析NET1的表达与肝癌患者预后的关系,通过χ2检验分析NET1与肝癌患者临床病理特征之间的关系。在生物学功能方面,首先构建NET1过表达和敲低的稳转肝癌细胞系,采用MTT实验、结晶紫及transwell实验探索NET1对于肝癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响;接着利用裸鼠皮下成瘤模型、裸鼠肝内转移和肺转移模型进一步探究NET1对于肝癌细胞体内生长和转移能力的影响。在机制方面,首先利用转录组测序分析和生物信息学分析对敲低NET1和对照的YY-8103细胞系进行测序分析,筛选差异化表达基因,富集具有调控NET1生物学功能的的潜在关键信号通路。然后,利用Western Blot技术和Real-time PCR分析验证NET1可能的作用通路。【研究结果】1.根据临床组织样本和组织芯片的分析结果发现,NET1在肝癌组织中的表达升高。Kaplan-Meier生存分析发现,NET1高表达的患者无论是OS还是DFS均明显较差。NET1的表达与AFP、肿瘤大小、微转移灶、门静脉癌栓和微血管侵犯等临床病理特征密切相关。2.根据表达水平差异,选择Hep3B和Huh7两个低表达NET1的细胞系构建过表达NET1的稳转细胞系,同时高表达NET1的CSQT-2和YY-8103被用于构建低表达NET1的细胞系。3.MTT实验和结晶紫实验发现,过表达NET1可促进肝癌细胞系体外的增殖能力,反之敲低NET1后增殖能力被抑制。transwell实验发现,过表达NET1可促进肝癌细胞系体外的迁移和侵袭能力,反之敲低NET1后迁移和侵袭的能力被抑制。4.裸鼠皮下成瘤模型、裸鼠肝内转移和肺转移模型实验发现,过表达NET1可促进肝癌细胞系体内生长和转移的能力,反之敲低NET1后生长和转移的能力被抑制。5.转录组测序GSEA富集分析发现在敲低NET1后,与AKT通路相关的基因集表达普遍降低,提示敲低NET1后或可对AKT信号通路产生重要的影响。6.Western Blot检测结果发现,过表达NET1可以增加p-AKT的表达;反之,敲低NET1可以降低p-AKT的表达。同时,AKT的抑制剂(MK2206)可以恢复NET1的促增殖、迁移和侵袭作用。7.对EMT通路相关基因E-cadherin、N-cadherin、Snail、Twist和ZEB的Western Blot检测结果发现,NET1可以通过上调Snail的表达而促进肝癌细胞的EMT过程。8.NET1的表达可以预测索拉菲尼治疗的敏感性,索拉菲尼对低表达NET1肝癌患者的治疗效果更好。【研究结论】NET1在肝癌组织中高表达,且高表达NET1的患者预后差。细胞和动物实验证明过表达NET1可以显著促进肝癌细胞在体内外的生长和转移能力,发挥着重要的促癌作用。在机制方面,我们确定了NET1可以通过激活AKT的磷酸化和上调Snail的表达来发挥作用。但更具体的机制还需进一步探索。本研究证明NET1可以作为一个新的潜在的治疗靶点。