针刺效应知识图谱构建与语义检索研究——以RCT文献为例
这是一篇关于针刺效应,知识图谱,随机对照试验,语义搜索的论文, 主要内容为1研究目的基于针刺临床随机对照试验文献,利用文献调研法和专家会议讨论法分六步建立针刺效应知识图谱模型。利用自然语言处理中的命名实体识别等技术构建针刺临床随机对照试验文献实体抽取模型,借助中医药学知识组织系统(Knowledge organization system of traditional Chinesemedicine,KOS)等构建基于临床随机对照试验文献的针刺效应知识图谱,最后设计应用场景将知识图谱应用于语义检索并可视化检索结果。本研究通过实体抽取解决了海量针刺临床随机对照试验文献数据挖掘过程中耗时、耗力的问题,方便科研工作者和临床医生进行针刺临床随机对照试验文献二次研究。本研究通过语义检索和可视化为针灸临床研究提供直观便捷的知识服务。2研究内容与方法2.1针刺效应知识图谱模型构建通过文献调研研究了针刺随机对照试验(Randomized controlled trial,RCT)文献中的针刺效应要素和现存的针灸领域及RCT文献相关的知识图谱,结合专家会议讨论确定了针刺效应实体、实体分类体系、实体之间关系、实体属性及其约束。在此基础上形成了针刺效应知识图谱模型,并指导实体抽取模型的标签构建,为知识图谱建立奠定基础。2.2针刺随机对照试验命名实体识别方法研究对针刺RCT文献数据进行人工标注,形成BIO标注集,利用基于词典和深度学习的方法,提出三种实体抽取模型,包括word2vec-BiLSTM-CRF、ALBERT-BiLSTM-CRF和ALBERT+词典-BiLSTM-CRF,使用精确率P、召回率R和F1分数等指标对比三种模型实体抽取效果,选取实体识别效果最好的ALBERT+词典-BiLSTM-CRF模型嵌入到课题组前期开发的自动建库系统。2.3针刺效应知识图谱构建通过OCR识别技术将PDF文献数据转化为TXT格式数据,利用上文研究得到的实体抽取模型自动抽取TXT文本中的针刺效应实体,在自动建库系统进行人工校对,导出EXCEL数据集。根据针刺效应知识图谱模型在KOS平台中建立针刺效应知识图谱模型包括实体、实体之间关系,实体属性等。将EXCEL数据集自动导入KOS平台完成针刺效应知识图谱的构建。2.4针刺效应语义检索系统设计与实现基于针刺效应知识图谱,从场景设计、功能设计两方面对针刺效应语义检索系统设计,运用Dice相似度计算和组合计算对知识图谱进行计算,发现隐含的规律。方便文献检索。系统设计成功后以抑郁症为例进行平台功能的展示。3研究结果3.1明确针刺效应实体类型、关系与属性等要素针刺效应实体共有4大类,14种实体。文献相关实体包括文献、试验;针刺治疗相关实体包括针刺部位、主穴、配穴、针法、刺法;疾病相关实体包括疾病、证候、症状;针刺效应相关实体包括功能评分指标、物理检查指标、血液生化指标;实体之间确立了 1 1种关系包括:影响、作用于、表现出、is a、有针刺部位、有针法、有试验、有疾病、有指标、有刺法、有证候、有指标。确立了 5种实体属性包括文献ID、文献出处、干预时间、总样本量、总有效率。3.2构建了针刺效应知识抽取模型(1)本研究采用word2vec和ALBERT两种方法进行词向量转换,转换结果输入BiLSTM-CRF模型进行模型训练。从实体抽取效果来看,“ALBERT-BiLSTM-CRF+词典”的实体识别效果最好,P值92.57%,R值91.42%,F1值91.85%,而ALBERT-BiLSTM-CRF模型的效果稍差一些,P值83.10%,R值81.14%,F1值81.98%,word2vec-BiLSTM-CRF的效果最差,P值81.82%,R值70.76%,F1值75.48%。从实体类别看,精确率最高的前三种实体为针法、刺法、针刺部位,分别为98%、97%、97%,最低的三种实体症状、疾病、指标,分别为92%、89%、79%。(2)本研究在ALBERT-BiLSTM-CRF+词典知识抽取模型的基础上,设计完成了自动建库系统RCT文献知识抽取模块,支持文献导入、知识抽取、人工校对、数据导出等功能,本研究利用此知识抽取模块完成了针刺RCT文献的结构化处理。3.3构建了针刺效应知识图谱使用KOS平台,添加针刺效应实体类型、关系与属性完成针刺效应知识图谱模型的构建。然后使用EXCEL批量导入模块,通过配置文件导入结构化处理完成的针刺RCT文献。最终纳入1956-2020年针刺RCT文献14708篇包括54338个实体,226393条关系属性,73955条数据属性等。3.4构建了语义检索系统根据实际需求,设计了平台的两种应用场景。第一通过相似度计算和组合计算发现针灸治疗某种疾病的选穴规律。第二通过相同证候不同疾病之间的针刺部位、刺法、检测指标、功能评分指标、血液生化指标和物理检查指标等的不同之处和相同之处,研究它们之间的内在联系与区别,辅助疾病诊断。设计了一对多检索、多对多检索、多对一检索组合检索四种检索模式并实现了对针刺效应知识的计算与可视化展示。4研究结论本研究利用人机结合的方式成功构建了基于RCT的针刺效应知识图谱,为针刺临床实践提供了一种新的知识服务方式。该知识图谱包括了针刺部位、刺法、针法、检测指标等多个方面的信息,可以帮助临床医生和科研人员更好地了解针刺治疗的机制与效应,方便检索文献,辅助探索针刺治疗疾病时的治法治则、理论基础。同时,基于针刺效应知识图谱的语义检索系统可以提供更加灵活、个性化的检索方式,为用户提供了一种快速准确获取知识的途径。本研究为针刺临床实践和针灸学科研究提供了有益的参考和支持,具有一定的理论和实际应用价值。
腕踝针疗法文献计量学分析及临床研究文献评价
这是一篇关于腕踝针,文献计量,可视化,腰痛,随机对照试验,系统评价,meta分析的论文, 主要内容为目的:腕踝针是一种新兴的针刺疗法,具有“应用面广、安全方便、简明易学”等优势。随着腕踝针研究的不断发展,与之相关的研究文献日益增多,研究内容与发表形式也纷繁复杂。这使得腕踝针相关科研和医务人员等在全面审视腕踝针学科结构和洞悉临床研究热点等方面面临困难。本研究旨在运用文献计量学方法,分析腕踝针文献交流特征,了解腕踝针发展规律、研究结构特点、临床研究热点等重要内容,并用系统评价和meta分析方法对腕踝针治疗临床研究热点病症的疗效进行评估。方法:本研究根据研究目的分为两部分进行。第一部分为腕踝针文献计量学分析。具体方法:数据来源,以计算机检索国内外各大数据库中腕踝针相关文献为主,文献类型、出版日期、发表语言、发表形式不限;以手工检索相关会议论文汇编、专著、报刊等文献为辅。研究工具,选用EndNote X8、Microsoft Excel 2017和CiteSpace软件分别进行文献管理、数据提取及可视化分析。文献计量学方法,选用普莱斯指数增长定律、布拉德福定律、洛特卡定律分别分析腕踝针相关期刊文献的增长规律、分散规律以及文献作者分布规律。运用科学知识图谱方法实现关键词共词、作者合作网络、机构合作网络、引文分析等可视化呈现与分析。对于不适合用文献计量学公式、数学模型及可视化分析的文献信息,选择频次分析和描述性分析。第二部分是运用系统评价和meta分析方法,评估腕踝针对第一部分分析出的热点病症——“腰痛”的临床疗效。具体方法:数据来源,以计算机检索中文四大数据库中腕踝针治疗腰痛的随机对照试验(randomized controlled trial,RCT)文献为主,是否使用盲法,发表语言、形式和年份不限;以手工检索相应期刊、汇编文献为辅。研究工具,选用EndNote X8、Microsoft Excel 2017和Review Manager 5.3软件分别进行文献管理、数据提取和系统评价与meta分析。评价方法,按纳入标准筛选腕踝针治疗腰痛的RCTs文献,并使用Cochrane偏倚风险评估工具对纳入文献进行偏倚风险评估。对于二分类资料的效应量用相对危险度(risk ratio,RR)及其95%可信区间(CI)。连续型资料的效应指标用均数差(mean difference,MD)及其95%CI。如果研究间同质性较好,则两种效应模型均可选择。如果研究间不满足同质性但无明显异质性时,用随机效应模型。当研究间存在明显异质性,不适合做数据定量合并时,则不进行meta分析,仅对其进行定性分析,并分析异质性来源。结果:第一部分:共纳入分析文献696篇,其中期刊文献554篇,学位论文70篇,会议论文35篇,专著文献(含国家标准)19本,专利、报纸数量分别为15篇、3篇。腕踝针文献发布量总体呈上升趋势。期刊文献增长符合普莱斯指数增长定律。根据布拉德福文献定律,位于腕踝针文献期刊分布核心区的期刊共6本,分别是《中国针灸》、《上海针灸杂志》、《针灸临床杂志》、《中国民间疗法》、《陕西中医》、和《四川中医》。期刊文献中高频著者为周庆辉,高频发文机构为第二军医大学。作者合作关系、机构间合作关系较为分散。腕踝针的研究地主要集中于国内江浙沪地区。腕踝针期刊文献研究类型,以临床类文献为主,疼痛类疾病、急性腰痛、腰椎间盘突出症、肩周炎是腕踝针热点治疗病症。上1穴是使用频率最高的进针区。第二部分:本研究共纳入文献20篇,其中期刊论文12篇,学位论文8篇。有19项研究是在中国大陆开展的,1项研究是在中国台湾进行。纳入研究的偏倚风险评估显示,大部分纳入文献的偏倚风险不确定或较高。对腕踝针治疗腰痛的效应指标进行分析,显示腕踝针在提高治疗腰痛的有效率、缓解腰部疼痛和改善腰椎功能等方面均有积极意义。但是部分指标如腰部疼痛评分、腰椎功能评分的评分量表,在所纳入的研究中异质性较为明显,故只能对其进行定性分析。异质性来源可能与各研究实施方法、量表版本和原始研究者对各评分量表的使用差异有关。结论:腕踝针相关研究将继续增加。期刊文献是腕踝针研究的主要出版形式。腕踝针研究的地域性分布将继续扩大,国际化发展存在潜力。以周庆辉为代表的,腕踝针发源地第二军医大学腕踝针研究团队,对腕踝针的推广与发展贡献度最大。临床疗效是腕踝针研究的关注重点。疼痛,尤其是腰痛是腕踝针临床研究的热点病症。腕踝针研究的科研投入、研究热度整体呈上升趋势。腕踝针对腰部疼痛患者提高临床治疗有效率、缓解腰部疼痛和改善腰椎功能障碍有积极意义。但是由于所纳入的研究个数较少,各研究的样本量小、方法学质量评价较低,各研究间同质性较差,很多指标未能进行meta分析,故研究结果并不能很好地为临床决策提供证据支持。相关研究仍需进一步深入、规范开展。
神经保护剂在脑卒中领域的文献计量分析及改善急性缺血性脑卒中神经功能的系统评价
这是一篇关于神经保护剂,脑卒中,文献计量,知识图谱,聚类分析,急性缺血性脑卒中,随机对照试验,神经功能,网状Meta分析的论文, 主要内容为第一部分神经保护剂在脑卒中领域的知识图谱分析目的:本研究拟采用科学知识图谱方法,对神经保护剂在脑卒中领域的相关文献作系统梳理,厘清其知识结构及发展脉络,准确清晰的展现该领域的研究方向、研究热点及其发展方向。方法:基于Web of Science(核心合集)数据库,检索2005-2018年的脑卒中-神经保护剂研究领域的文献,文献类型为“Review and Article”语言限制为“English”。使用CitespaceⅢ软件和WOS数据库自带的文献统计工具对脑卒中-神经保护剂研究领域的相关文献进行梳理统计及知识图谱可视化分析;使用VOSviewer软件进行聚类分析与研究热点分析。结果:2005-2018年Web of Science数据库共检索出1990篇脑卒中-神经保护剂研究领域的相关文献。全球对于脑卒中-神经保护剂的研究总体呈缓慢上升趋势。美国在该领域的研究数量及质量远高于其他国家,中国的研究国际影响力略显不足;欧洲国家之间合作较为紧密,其他国家地区间合作较少;大学是主要的研究机构,机构间合作比较密切,具有明显的地区分布特点。高被引文献聚类结果显示,主要分为4个聚类,分别集中于对脑卒中及脑损伤病生理机制的研究;阿替普酶治疗急性缺血性脑卒中的研究与神经保护剂发展方向的研究;神经保护剂NXY-059的相关研究;其他干预措施治疗急性缺血性脑卒中的研究。关键词共现与聚类结果显示,2005-2018年的研究热点主要集中对脑缺血的研究,大鼠脑缺血模型的建立是研究的重点;细胞凋亡、氧化应激和炎症反应等病生理机制是神经保护策略关注的热点。研究热点会随着时间的迁移而发生变化。突变词分析结果显示,针对炎症反应的神经保护策略可能会成为今后研究方向。结论:截止到目前,对于神经的保护剂的研究仍然在探索阶段,神经保护剂的研究仍在不断深入,且关注度越来越高,针对细胞凋亡、氧化应激和炎症反应等病生理机制是目前神经保护剂发展的方向。第二部分神经保护剂改善急性缺血性脑卒中神经功能的网状Meta分析目的:系统评价临床常用的5种神经保护剂对于急性缺血性脑卒中神经功能的改善作用。方法:检索Pub Med/Medline、Embase、Web of Science,中国生物医学文献数据库、中国期刊全文数据库、万方数据库与重庆维普信息数据库等中文数据库,收集依达拉奉、丁苯酞、单唾液酸神经节苷脂、胞磷胆碱、长春西汀改善急性缺血性脑卒中神经功能的随机对照试验。对符合纳排标准的文献进行质量评价,使用R软件对其进行网状Meta分析。结果:共纳入52篇研究,共计4903名患者,文献质量中等。网状Meta分析结果显示,与基础治疗相比,依达拉奉与神经节苷脂对于神经功能缺损的改善作用及提高日常生活能力作用显著,且二者之间无统计学差异;其次为丁苯酞,研究结果显示丁苯酞在一定程度上可以改善神经功能缺损情况,对于患者日常生活能力的改善程度较弱,总体上丁苯酞氯化钠注射液稍优于丁苯酞软胶囊,但二者不存在统计学差异;长春西汀对于神经功能的改善及日常生活能力的改善较弱,与基础治疗相比,虽能一定程度改善神经缺损功能,但基本上无统计学差异;胞磷胆碱对于神经功能及日常生活能力的改善与基础治疗基本一致。在神经保护剂之间的疗效对比结果中,可以看出不同神经保护剂对神经功能的改善程度基本上无统计学差异,总体上依达拉奉>神经节苷脂>丁苯酞>长春西汀>胞磷胆碱。结论:基于现有资料,依达拉奉与神经节苷脂效果相当,总体优于其他神经保护剂,丁苯酞次之,长春西汀稍优于基础治疗但无统计学差异,胞磷胆碱与基础治疗的临床效果基本类似。同时仍然需要高质量头对头的研究对结果进行进一步的验证。
针刺效应知识图谱构建与语义检索研究——以RCT文献为例
这是一篇关于针刺效应,知识图谱,随机对照试验,语义搜索的论文, 主要内容为1研究目的基于针刺临床随机对照试验文献,利用文献调研法和专家会议讨论法分六步建立针刺效应知识图谱模型。利用自然语言处理中的命名实体识别等技术构建针刺临床随机对照试验文献实体抽取模型,借助中医药学知识组织系统(Knowledge organization system of traditional Chinesemedicine,KOS)等构建基于临床随机对照试验文献的针刺效应知识图谱,最后设计应用场景将知识图谱应用于语义检索并可视化检索结果。本研究通过实体抽取解决了海量针刺临床随机对照试验文献数据挖掘过程中耗时、耗力的问题,方便科研工作者和临床医生进行针刺临床随机对照试验文献二次研究。本研究通过语义检索和可视化为针灸临床研究提供直观便捷的知识服务。2研究内容与方法2.1针刺效应知识图谱模型构建通过文献调研研究了针刺随机对照试验(Randomized controlled trial,RCT)文献中的针刺效应要素和现存的针灸领域及RCT文献相关的知识图谱,结合专家会议讨论确定了针刺效应实体、实体分类体系、实体之间关系、实体属性及其约束。在此基础上形成了针刺效应知识图谱模型,并指导实体抽取模型的标签构建,为知识图谱建立奠定基础。2.2针刺随机对照试验命名实体识别方法研究对针刺RCT文献数据进行人工标注,形成BIO标注集,利用基于词典和深度学习的方法,提出三种实体抽取模型,包括word2vec-BiLSTM-CRF、ALBERT-BiLSTM-CRF和ALBERT+词典-BiLSTM-CRF,使用精确率P、召回率R和F1分数等指标对比三种模型实体抽取效果,选取实体识别效果最好的ALBERT+词典-BiLSTM-CRF模型嵌入到课题组前期开发的自动建库系统。2.3针刺效应知识图谱构建通过OCR识别技术将PDF文献数据转化为TXT格式数据,利用上文研究得到的实体抽取模型自动抽取TXT文本中的针刺效应实体,在自动建库系统进行人工校对,导出EXCEL数据集。根据针刺效应知识图谱模型在KOS平台中建立针刺效应知识图谱模型包括实体、实体之间关系,实体属性等。将EXCEL数据集自动导入KOS平台完成针刺效应知识图谱的构建。2.4针刺效应语义检索系统设计与实现基于针刺效应知识图谱,从场景设计、功能设计两方面对针刺效应语义检索系统设计,运用Dice相似度计算和组合计算对知识图谱进行计算,发现隐含的规律。方便文献检索。系统设计成功后以抑郁症为例进行平台功能的展示。3研究结果3.1明确针刺效应实体类型、关系与属性等要素针刺效应实体共有4大类,14种实体。文献相关实体包括文献、试验;针刺治疗相关实体包括针刺部位、主穴、配穴、针法、刺法;疾病相关实体包括疾病、证候、症状;针刺效应相关实体包括功能评分指标、物理检查指标、血液生化指标;实体之间确立了 1 1种关系包括:影响、作用于、表现出、is a、有针刺部位、有针法、有试验、有疾病、有指标、有刺法、有证候、有指标。确立了 5种实体属性包括文献ID、文献出处、干预时间、总样本量、总有效率。3.2构建了针刺效应知识抽取模型(1)本研究采用word2vec和ALBERT两种方法进行词向量转换,转换结果输入BiLSTM-CRF模型进行模型训练。从实体抽取效果来看,“ALBERT-BiLSTM-CRF+词典”的实体识别效果最好,P值92.57%,R值91.42%,F1值91.85%,而ALBERT-BiLSTM-CRF模型的效果稍差一些,P值83.10%,R值81.14%,F1值81.98%,word2vec-BiLSTM-CRF的效果最差,P值81.82%,R值70.76%,F1值75.48%。从实体类别看,精确率最高的前三种实体为针法、刺法、针刺部位,分别为98%、97%、97%,最低的三种实体症状、疾病、指标,分别为92%、89%、79%。(2)本研究在ALBERT-BiLSTM-CRF+词典知识抽取模型的基础上,设计完成了自动建库系统RCT文献知识抽取模块,支持文献导入、知识抽取、人工校对、数据导出等功能,本研究利用此知识抽取模块完成了针刺RCT文献的结构化处理。3.3构建了针刺效应知识图谱使用KOS平台,添加针刺效应实体类型、关系与属性完成针刺效应知识图谱模型的构建。然后使用EXCEL批量导入模块,通过配置文件导入结构化处理完成的针刺RCT文献。最终纳入1956-2020年针刺RCT文献14708篇包括54338个实体,226393条关系属性,73955条数据属性等。3.4构建了语义检索系统根据实际需求,设计了平台的两种应用场景。第一通过相似度计算和组合计算发现针灸治疗某种疾病的选穴规律。第二通过相同证候不同疾病之间的针刺部位、刺法、检测指标、功能评分指标、血液生化指标和物理检查指标等的不同之处和相同之处,研究它们之间的内在联系与区别,辅助疾病诊断。设计了一对多检索、多对多检索、多对一检索组合检索四种检索模式并实现了对针刺效应知识的计算与可视化展示。4研究结论本研究利用人机结合的方式成功构建了基于RCT的针刺效应知识图谱,为针刺临床实践提供了一种新的知识服务方式。该知识图谱包括了针刺部位、刺法、针法、检测指标等多个方面的信息,可以帮助临床医生和科研人员更好地了解针刺治疗的机制与效应,方便检索文献,辅助探索针刺治疗疾病时的治法治则、理论基础。同时,基于针刺效应知识图谱的语义检索系统可以提供更加灵活、个性化的检索方式,为用户提供了一种快速准确获取知识的途径。本研究为针刺临床实践和针灸学科研究提供了有益的参考和支持,具有一定的理论和实际应用价值。
针刺效应知识图谱构建与语义检索研究——以RCT文献为例
这是一篇关于针刺效应,知识图谱,随机对照试验,语义搜索的论文, 主要内容为1研究目的基于针刺临床随机对照试验文献,利用文献调研法和专家会议讨论法分六步建立针刺效应知识图谱模型。利用自然语言处理中的命名实体识别等技术构建针刺临床随机对照试验文献实体抽取模型,借助中医药学知识组织系统(Knowledge organization system of traditional Chinesemedicine,KOS)等构建基于临床随机对照试验文献的针刺效应知识图谱,最后设计应用场景将知识图谱应用于语义检索并可视化检索结果。本研究通过实体抽取解决了海量针刺临床随机对照试验文献数据挖掘过程中耗时、耗力的问题,方便科研工作者和临床医生进行针刺临床随机对照试验文献二次研究。本研究通过语义检索和可视化为针灸临床研究提供直观便捷的知识服务。2研究内容与方法2.1针刺效应知识图谱模型构建通过文献调研研究了针刺随机对照试验(Randomized controlled trial,RCT)文献中的针刺效应要素和现存的针灸领域及RCT文献相关的知识图谱,结合专家会议讨论确定了针刺效应实体、实体分类体系、实体之间关系、实体属性及其约束。在此基础上形成了针刺效应知识图谱模型,并指导实体抽取模型的标签构建,为知识图谱建立奠定基础。2.2针刺随机对照试验命名实体识别方法研究对针刺RCT文献数据进行人工标注,形成BIO标注集,利用基于词典和深度学习的方法,提出三种实体抽取模型,包括word2vec-BiLSTM-CRF、ALBERT-BiLSTM-CRF和ALBERT+词典-BiLSTM-CRF,使用精确率P、召回率R和F1分数等指标对比三种模型实体抽取效果,选取实体识别效果最好的ALBERT+词典-BiLSTM-CRF模型嵌入到课题组前期开发的自动建库系统。2.3针刺效应知识图谱构建通过OCR识别技术将PDF文献数据转化为TXT格式数据,利用上文研究得到的实体抽取模型自动抽取TXT文本中的针刺效应实体,在自动建库系统进行人工校对,导出EXCEL数据集。根据针刺效应知识图谱模型在KOS平台中建立针刺效应知识图谱模型包括实体、实体之间关系,实体属性等。将EXCEL数据集自动导入KOS平台完成针刺效应知识图谱的构建。2.4针刺效应语义检索系统设计与实现基于针刺效应知识图谱,从场景设计、功能设计两方面对针刺效应语义检索系统设计,运用Dice相似度计算和组合计算对知识图谱进行计算,发现隐含的规律。方便文献检索。系统设计成功后以抑郁症为例进行平台功能的展示。3研究结果3.1明确针刺效应实体类型、关系与属性等要素针刺效应实体共有4大类,14种实体。文献相关实体包括文献、试验;针刺治疗相关实体包括针刺部位、主穴、配穴、针法、刺法;疾病相关实体包括疾病、证候、症状;针刺效应相关实体包括功能评分指标、物理检查指标、血液生化指标;实体之间确立了 1 1种关系包括:影响、作用于、表现出、is a、有针刺部位、有针法、有试验、有疾病、有指标、有刺法、有证候、有指标。确立了 5种实体属性包括文献ID、文献出处、干预时间、总样本量、总有效率。3.2构建了针刺效应知识抽取模型(1)本研究采用word2vec和ALBERT两种方法进行词向量转换,转换结果输入BiLSTM-CRF模型进行模型训练。从实体抽取效果来看,“ALBERT-BiLSTM-CRF+词典”的实体识别效果最好,P值92.57%,R值91.42%,F1值91.85%,而ALBERT-BiLSTM-CRF模型的效果稍差一些,P值83.10%,R值81.14%,F1值81.98%,word2vec-BiLSTM-CRF的效果最差,P值81.82%,R值70.76%,F1值75.48%。从实体类别看,精确率最高的前三种实体为针法、刺法、针刺部位,分别为98%、97%、97%,最低的三种实体症状、疾病、指标,分别为92%、89%、79%。(2)本研究在ALBERT-BiLSTM-CRF+词典知识抽取模型的基础上,设计完成了自动建库系统RCT文献知识抽取模块,支持文献导入、知识抽取、人工校对、数据导出等功能,本研究利用此知识抽取模块完成了针刺RCT文献的结构化处理。3.3构建了针刺效应知识图谱使用KOS平台,添加针刺效应实体类型、关系与属性完成针刺效应知识图谱模型的构建。然后使用EXCEL批量导入模块,通过配置文件导入结构化处理完成的针刺RCT文献。最终纳入1956-2020年针刺RCT文献14708篇包括54338个实体,226393条关系属性,73955条数据属性等。3.4构建了语义检索系统根据实际需求,设计了平台的两种应用场景。第一通过相似度计算和组合计算发现针灸治疗某种疾病的选穴规律。第二通过相同证候不同疾病之间的针刺部位、刺法、检测指标、功能评分指标、血液生化指标和物理检查指标等的不同之处和相同之处,研究它们之间的内在联系与区别,辅助疾病诊断。设计了一对多检索、多对多检索、多对一检索组合检索四种检索模式并实现了对针刺效应知识的计算与可视化展示。4研究结论本研究利用人机结合的方式成功构建了基于RCT的针刺效应知识图谱,为针刺临床实践提供了一种新的知识服务方式。该知识图谱包括了针刺部位、刺法、针法、检测指标等多个方面的信息,可以帮助临床医生和科研人员更好地了解针刺治疗的机制与效应,方便检索文献,辅助探索针刺治疗疾病时的治法治则、理论基础。同时,基于针刺效应知识图谱的语义检索系统可以提供更加灵活、个性化的检索方式,为用户提供了一种快速准确获取知识的途径。本研究为针刺临床实践和针灸学科研究提供了有益的参考和支持,具有一定的理论和实际应用价值。
针刺效应知识图谱构建与语义检索研究——以RCT文献为例
这是一篇关于针刺效应,知识图谱,随机对照试验,语义搜索的论文, 主要内容为1研究目的基于针刺临床随机对照试验文献,利用文献调研法和专家会议讨论法分六步建立针刺效应知识图谱模型。利用自然语言处理中的命名实体识别等技术构建针刺临床随机对照试验文献实体抽取模型,借助中医药学知识组织系统(Knowledge organization system of traditional Chinesemedicine,KOS)等构建基于临床随机对照试验文献的针刺效应知识图谱,最后设计应用场景将知识图谱应用于语义检索并可视化检索结果。本研究通过实体抽取解决了海量针刺临床随机对照试验文献数据挖掘过程中耗时、耗力的问题,方便科研工作者和临床医生进行针刺临床随机对照试验文献二次研究。本研究通过语义检索和可视化为针灸临床研究提供直观便捷的知识服务。2研究内容与方法2.1针刺效应知识图谱模型构建通过文献调研研究了针刺随机对照试验(Randomized controlled trial,RCT)文献中的针刺效应要素和现存的针灸领域及RCT文献相关的知识图谱,结合专家会议讨论确定了针刺效应实体、实体分类体系、实体之间关系、实体属性及其约束。在此基础上形成了针刺效应知识图谱模型,并指导实体抽取模型的标签构建,为知识图谱建立奠定基础。2.2针刺随机对照试验命名实体识别方法研究对针刺RCT文献数据进行人工标注,形成BIO标注集,利用基于词典和深度学习的方法,提出三种实体抽取模型,包括word2vec-BiLSTM-CRF、ALBERT-BiLSTM-CRF和ALBERT+词典-BiLSTM-CRF,使用精确率P、召回率R和F1分数等指标对比三种模型实体抽取效果,选取实体识别效果最好的ALBERT+词典-BiLSTM-CRF模型嵌入到课题组前期开发的自动建库系统。2.3针刺效应知识图谱构建通过OCR识别技术将PDF文献数据转化为TXT格式数据,利用上文研究得到的实体抽取模型自动抽取TXT文本中的针刺效应实体,在自动建库系统进行人工校对,导出EXCEL数据集。根据针刺效应知识图谱模型在KOS平台中建立针刺效应知识图谱模型包括实体、实体之间关系,实体属性等。将EXCEL数据集自动导入KOS平台完成针刺效应知识图谱的构建。2.4针刺效应语义检索系统设计与实现基于针刺效应知识图谱,从场景设计、功能设计两方面对针刺效应语义检索系统设计,运用Dice相似度计算和组合计算对知识图谱进行计算,发现隐含的规律。方便文献检索。系统设计成功后以抑郁症为例进行平台功能的展示。3研究结果3.1明确针刺效应实体类型、关系与属性等要素针刺效应实体共有4大类,14种实体。文献相关实体包括文献、试验;针刺治疗相关实体包括针刺部位、主穴、配穴、针法、刺法;疾病相关实体包括疾病、证候、症状;针刺效应相关实体包括功能评分指标、物理检查指标、血液生化指标;实体之间确立了 1 1种关系包括:影响、作用于、表现出、is a、有针刺部位、有针法、有试验、有疾病、有指标、有刺法、有证候、有指标。确立了 5种实体属性包括文献ID、文献出处、干预时间、总样本量、总有效率。3.2构建了针刺效应知识抽取模型(1)本研究采用word2vec和ALBERT两种方法进行词向量转换,转换结果输入BiLSTM-CRF模型进行模型训练。从实体抽取效果来看,“ALBERT-BiLSTM-CRF+词典”的实体识别效果最好,P值92.57%,R值91.42%,F1值91.85%,而ALBERT-BiLSTM-CRF模型的效果稍差一些,P值83.10%,R值81.14%,F1值81.98%,word2vec-BiLSTM-CRF的效果最差,P值81.82%,R值70.76%,F1值75.48%。从实体类别看,精确率最高的前三种实体为针法、刺法、针刺部位,分别为98%、97%、97%,最低的三种实体症状、疾病、指标,分别为92%、89%、79%。(2)本研究在ALBERT-BiLSTM-CRF+词典知识抽取模型的基础上,设计完成了自动建库系统RCT文献知识抽取模块,支持文献导入、知识抽取、人工校对、数据导出等功能,本研究利用此知识抽取模块完成了针刺RCT文献的结构化处理。3.3构建了针刺效应知识图谱使用KOS平台,添加针刺效应实体类型、关系与属性完成针刺效应知识图谱模型的构建。然后使用EXCEL批量导入模块,通过配置文件导入结构化处理完成的针刺RCT文献。最终纳入1956-2020年针刺RCT文献14708篇包括54338个实体,226393条关系属性,73955条数据属性等。3.4构建了语义检索系统根据实际需求,设计了平台的两种应用场景。第一通过相似度计算和组合计算发现针灸治疗某种疾病的选穴规律。第二通过相同证候不同疾病之间的针刺部位、刺法、检测指标、功能评分指标、血液生化指标和物理检查指标等的不同之处和相同之处,研究它们之间的内在联系与区别,辅助疾病诊断。设计了一对多检索、多对多检索、多对一检索组合检索四种检索模式并实现了对针刺效应知识的计算与可视化展示。4研究结论本研究利用人机结合的方式成功构建了基于RCT的针刺效应知识图谱,为针刺临床实践提供了一种新的知识服务方式。该知识图谱包括了针刺部位、刺法、针法、检测指标等多个方面的信息,可以帮助临床医生和科研人员更好地了解针刺治疗的机制与效应,方便检索文献,辅助探索针刺治疗疾病时的治法治则、理论基础。同时,基于针刺效应知识图谱的语义检索系统可以提供更加灵活、个性化的检索方式,为用户提供了一种快速准确获取知识的途径。本研究为针刺临床实践和针灸学科研究提供了有益的参考和支持,具有一定的理论和实际应用价值。
神经保护剂在脑卒中领域的文献计量分析及改善急性缺血性脑卒中神经功能的系统评价
这是一篇关于神经保护剂,脑卒中,文献计量,知识图谱,聚类分析,急性缺血性脑卒中,随机对照试验,神经功能,网状Meta分析的论文, 主要内容为第一部分神经保护剂在脑卒中领域的知识图谱分析目的:本研究拟采用科学知识图谱方法,对神经保护剂在脑卒中领域的相关文献作系统梳理,厘清其知识结构及发展脉络,准确清晰的展现该领域的研究方向、研究热点及其发展方向。方法:基于Web of Science(核心合集)数据库,检索2005-2018年的脑卒中-神经保护剂研究领域的文献,文献类型为“Review and Article”语言限制为“English”。使用CitespaceⅢ软件和WOS数据库自带的文献统计工具对脑卒中-神经保护剂研究领域的相关文献进行梳理统计及知识图谱可视化分析;使用VOSviewer软件进行聚类分析与研究热点分析。结果:2005-2018年Web of Science数据库共检索出1990篇脑卒中-神经保护剂研究领域的相关文献。全球对于脑卒中-神经保护剂的研究总体呈缓慢上升趋势。美国在该领域的研究数量及质量远高于其他国家,中国的研究国际影响力略显不足;欧洲国家之间合作较为紧密,其他国家地区间合作较少;大学是主要的研究机构,机构间合作比较密切,具有明显的地区分布特点。高被引文献聚类结果显示,主要分为4个聚类,分别集中于对脑卒中及脑损伤病生理机制的研究;阿替普酶治疗急性缺血性脑卒中的研究与神经保护剂发展方向的研究;神经保护剂NXY-059的相关研究;其他干预措施治疗急性缺血性脑卒中的研究。关键词共现与聚类结果显示,2005-2018年的研究热点主要集中对脑缺血的研究,大鼠脑缺血模型的建立是研究的重点;细胞凋亡、氧化应激和炎症反应等病生理机制是神经保护策略关注的热点。研究热点会随着时间的迁移而发生变化。突变词分析结果显示,针对炎症反应的神经保护策略可能会成为今后研究方向。结论:截止到目前,对于神经的保护剂的研究仍然在探索阶段,神经保护剂的研究仍在不断深入,且关注度越来越高,针对细胞凋亡、氧化应激和炎症反应等病生理机制是目前神经保护剂发展的方向。第二部分神经保护剂改善急性缺血性脑卒中神经功能的网状Meta分析目的:系统评价临床常用的5种神经保护剂对于急性缺血性脑卒中神经功能的改善作用。方法:检索Pub Med/Medline、Embase、Web of Science,中国生物医学文献数据库、中国期刊全文数据库、万方数据库与重庆维普信息数据库等中文数据库,收集依达拉奉、丁苯酞、单唾液酸神经节苷脂、胞磷胆碱、长春西汀改善急性缺血性脑卒中神经功能的随机对照试验。对符合纳排标准的文献进行质量评价,使用R软件对其进行网状Meta分析。结果:共纳入52篇研究,共计4903名患者,文献质量中等。网状Meta分析结果显示,与基础治疗相比,依达拉奉与神经节苷脂对于神经功能缺损的改善作用及提高日常生活能力作用显著,且二者之间无统计学差异;其次为丁苯酞,研究结果显示丁苯酞在一定程度上可以改善神经功能缺损情况,对于患者日常生活能力的改善程度较弱,总体上丁苯酞氯化钠注射液稍优于丁苯酞软胶囊,但二者不存在统计学差异;长春西汀对于神经功能的改善及日常生活能力的改善较弱,与基础治疗相比,虽能一定程度改善神经缺损功能,但基本上无统计学差异;胞磷胆碱对于神经功能及日常生活能力的改善与基础治疗基本一致。在神经保护剂之间的疗效对比结果中,可以看出不同神经保护剂对神经功能的改善程度基本上无统计学差异,总体上依达拉奉>神经节苷脂>丁苯酞>长春西汀>胞磷胆碱。结论:基于现有资料,依达拉奉与神经节苷脂效果相当,总体优于其他神经保护剂,丁苯酞次之,长春西汀稍优于基础治疗但无统计学差异,胞磷胆碱与基础治疗的临床效果基本类似。同时仍然需要高质量头对头的研究对结果进行进一步的验证。
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